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213个微生物菌株获得的571个质谱数据集

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Life Classification

Data Set Information:该MALDI-TOF数据集包括:A) 一个由20种革兰氏阳性和阴性细菌组成的参考小组,涵盖9个属,其中有几种已知......

数据结构 ? 1.51M

    Data Structure ?

    * 以上分析是由系统提取分析形成的结果,具体实际数据为准。

    README.md

    Data Set Information:

    该MALDI-TOF数据集包括:
    A) 一个由20种革兰氏阳性和阴性细菌组成的参考小组,涵盖9个属,其中有几种已知难以通过质谱(MALDI-TOF)进行区分。每个物种由7到20个细菌菌株获得的11到60个质谱表示,构成了213个菌株获得的571个质谱数据集。根据临床常规中使用的基于标准培养的工作流程获得光谱,其中微生物首先在琼脂平板上培养24至48小时,然后提取部分菌落,在MALDI玻片上进行斑点,并获得质谱。
    B) 基于该参考面板,构建了专用的体外模拟混合物数据集。为此,我们考虑了10对不同分类接近度的物种:
    *4种混合物,标记为A、B、C和D,涉及属于同一属的物种,
    *2种混合物,标记为E和F,涉及属于不同属但属于相同革兰氏类型的物种,
    *4种混合物,标记为G、H、I和J,涉及属于不同革兰氏类型的物种。
    每个混合物由2对菌株表示,它们按照以下9个浓度比进行混合:1:0、10:1、5:1、2:1、1:1、1:2、1:5、1:10、0:1。

    针对每个浓度比和每对菌株获得了两个重复光谱,总共形成了360个光谱数据集,其中80个光谱实际上是纯样品光谱。


    Attribute Information:

    Provide information about each attribute in your data set.


    Relevant Papers:

    Mahé et al. (2014). Automatic identification of mixed bacterial species fingerprints in a MALDI-TOF mass-spectrum. Bioinformatics.
    Vervier et al., A benchmark of support vector machines strategies for microbial identification by mass-spectrometry data, submitted


    Citation Request:

    If you have no special citation requests, please leave this field blank.


    Pierre Mahé, pierre.mahe '@' biomerieux.com, bioMérieux
    Jean-Baptiste Veyrieras, jean-baptiste.veyrieras '@' biomerieux.com, bioMérieux




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    该数据集正在整理中,为您准备了其他渠道,请您使用

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